Di menit-menit terakhir, Bagnaia harus terjatuh dari motornya sehingga tidak dapat memperbaiki catatan waktunya setelah berhasil yang menjadi tercepat di sektor pertama. Hal serupa juga didapatkan oleh Fabio Quartararo dan Aleix Espargaro.
Sementara itu, Jorge Martin berhasil memperbaiki catatan waktunya menjadi 1 menit 57,790 detik dan meraih pole position. Kemudian Enea Bastianini di posisi kedua dan disusul Marc Marquez, Marco Bezzecchi, dan Alex Rins.
Hasill Kualifikasi MotoGP Malaysia 2022
1 Jorge Martin SPA Pramac Ducati (GP22)
2 Enea Bastianini ITA Gresini Ducati (GP21)
3 Marc Marquez SPA Repsol Honda (RC213V)
4 Marco Bezzecchi ITA Mooney VR46 Ducati (GP21)*
5 Alex Rins SPA Suzuki Ecstar (GSX-RR)
6 Luca Marini ITA Mooney VR46 Ducati (GP22)
7 Franco Morbidelli ITA Monster Yamaha (YZR-M1)
8 Maverick Viñales SPA Aprilia Factory (RS-GP)
9 Francesco Bagnaia ITA Ducati Lenovo (GP22)
10 Aleix Espargaro SPA Aprilia Factory (RS-GP)
11 Joan Mir SPA Suzuki Ecstar (GSX-RR)
12 Fabio Quartararo FRA Monster Yamaha (YZR-M1)
13 Brad Binder RSA Red Bull KTM (RC16)
14 Jack Miller AUS Ducati Lenovo (GP22)
15 Cal Crutchlow GBR WithU RNF Yamaha (YZR-M1)
16 Fabio Di Giannantonio ITA Gresini Ducati (GP21)*
17 Pol Espargaro SPA Repsol Honda (RC213V)
18 Johann Zarco FRA Pramac Ducati (GP22)
19 Miguel Oliveira POR Red Bull KTM (RC16)
20 Remy Gardner AUS KTM Tech3 (RC16)*
21 Alex Marquez SPA LCR Honda (RC213V)
22 Raul Fernandez SPA KTM Tech3 (RC16)*
23 Tetsuta Nagashima JPN LCR Honda (RC213V)
24 Darryn Binder RSA WithU RNF Yamaha (YZR-M1)*
